Okulumuzun temeli Bağcılar Atatürk İlköğretim Okulu’na dayanmaktadır. Atatürk İlköğretim Okulu, ilk olarak 1975 -1976 eğitim öğretim yılında, 3 derslik, 1 salon, 1 öğretmen odasından müteşekkil bir binada 7 öğretmen kadrosuyla eğitim öğretime başlamıştır; okulun tam olarak hizmete açılma tarihi 11.11.1976’dır. Daha sonra 1992 yılında yeni okul binasının temeli atılmış ve 1993 yılının Cumhuriyet Bayramında Atatürk İlköğretim Okulu olarak eğitim öğretime başlamıştır. 17 Ağustos 1999 depreminde hasar gören okul binası, çeşitli güçlendirmelerden sonra 2005 yılında tamamen yıkılıp yeniden yapılmıştır. Atatürk İlköğretim Okulu’nun mevcut binası 2006–2007 eğitim öğretim yılında hizmete açılmıştır. İlköğretim okullarının dönüşümü sonrasında, 2012-2013 Eğitim Öğretim yılında, aynı binada Atatürk İlkokulu ve Atatürk Ortaokulu olarak hizmete devam etmiştir. Mevcut okul binamız ise Atatürk İlköğretim Okulu’nun bahçesinde inşa edilmiş ve 2011-2012 ve 2012-2013 Eğitim Öğretim yıllarında Aydın Doğan Anadolu Sağlık Meslek Lisesi’ne tahsis edilmiştir.
2013-2014 Eğitim Öğretim yılında, Atatürk Ortaokulu mevcut binasına taşınmış ve eğitim öğretim faaliyetlerine yeni binasında devam etmiştir. Atatürk Ortaokulu’nun adı ise İl Milli Eğitim Komisyonunun 19/11/2013 tarih ve 3 numaralı kararıyla “Bağcılar Mustafa Kemal Ortaokulu” olarak değiştirilmiştir.
